企业取得被认定为善意取得虚开的增值税专用发票，相关的进项税额不得抵扣，已经抵扣的要作进项转出处理，因为在增值税链条上国家并没有征到税。当然，企业如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款。

3.企业所得税如何处理？

企业所得税税前扣除强调遵循真实性、合法性、关联性等基本原则。

真实性是指税前扣除凭证反映的经济业务真实，且支出已经实际发生；

合法性是指税前扣除凭证的形式、来源符合国家法律、法规等相关规定；

关联性是指税前扣除凭证与其反映的支出相关联且有证明力。

《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。

国家税务总局公告2018年第28号《企业所得税税前扣除凭证管理办法》规定：企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除。

（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；　　

（二）相关业务活动的合同或者协议；　　

（三）采用非现金方式支付的付款凭证；　

（四）货物运输的证明资料；

（五）货物入库、出库内部凭证；　　

（六）企业会计核算记录以及其他资料。　　

前款第一项至第三项为必备资料。

企业取得被认定为善意取得虚开的增值税专用发票，企业所得税前能否扣除：如果符合上述规定，并提供充分的材料，经税务机关认可后，企业所得税前可扣除。

当然，企业如能重新取得合法、有效的专用发票，企业所得税前当然可扣除。

【案例】

甲公司2019年4月22日进行2018年汇算清缴，税务机关通知该公司，其2018年3月从A公司购进的货物（价税合计232000元），发票已被列为异常凭证。A公司已走逃失踪不纳税申报，被列为非正常企业，要求甲公司将从A公司取得的增值税进项发票做转出处理。

甲公司接到税局通知后，已无法再向A公司换开合规发票了。

鉴于此，甲公司取得了以下资料证明支出的真实性：

1.从税务机关网站查询的A公司列入非正常企业证明；

2.购货合同；

3.支付货款的银行转账记录；

4.货物运输单据；

5.货物入库单、出库单；

6.会计核算入账资料（包括记账凭证和账簿记录等）。

甲公司向税局提供上述资料，经税局认可后，可进行企业所得税税前扣除。

甲公司已无法再向A公司换开合规发票了，所以增值税需进行进项税额转出处理。

文章来源：财税服云